Het PNB heeft een zogenoemd omgekeerd gemengd bestuur met een onafhankelijke voorzitter. Daarin behartigen de niet-belanghebbende, uitvoerende bestuurders de bestuurlijke portefeuilles. De belanghebbende, niet-uitvoerende bestuurders houden toezicht daarop en ondersteunen de uitvoerende bestuurders. De voorzitter, de uitvoerende en niet-uitvoerende bestuurders vormen samen één besluitvormend bestuurscollege.
Per 1 juli 2018 is de z.e.h. V.G.P.J.M. Schoenmakers geen bestuurslid meer. Hij was niet-uitvoerend bestuurder namens de Bisschoppenconferentie. De Bisschoppenconferentie heeft als opvolger de hoogeerwaarde heer H.C.M. Lommers benoemd. Hij was de afgelopen maanden als aspirant bestuurslid bij de vergaderingen. Momenteel doorloopt de heer Lommers de toetsingsprocedure van De Nederlandsche Bank (toezichthouder). Ervan uitgaande dat de uitkomst positief is wordt hij daarna lid van het bestuur.
De heer C.J. Bijloos wil zijn taken als uitvoerend bestuurder graag neerleggen. Er wordt met potentiële kandidaten gesproken over zijn opvolging.
Per 1 juli 2019 eindigt de maximale zittingsperiode van de heer Th. R. Kalb (secretaris). Het bestuur heeft een geschikte opvolger gevonden; sinds 1 juli 2018 volgt hij de vergaderingen als toehoorder. Zo wordt gewaarborgd dat de werkzaamheden op een adequate manier worden overgedragen.